Pompoen kan worden geoogst als het steeltje dor is (licht bruin / kurk-achtig van kleur). Probeer bij het oogsten een stukje steel er aan te laten, dat helpt voor de bewaarbaarheid. Pompoenen droog en op schuur- of kelder temperatuur bewaren, ze kunnen niet tegen vorst.
Met een droge flinke steel (5cm), onbeschadigd, op een droge plek met niet teveel temperatuur schommelingen, kunnen pompoenen, afhankelijk van de soort, tot wel in mei het jaar erop bewaard worden. Wel regelmatig je voorraad checken en de pompoenen met issues als eerst opeten. Er zijn ook bronnen die zeggen dat je de pompoen de eerste paar dagen na de oogst warm (kamertemperatuur plus) moet bewaren en daarna pas in de schuur of kelder leggen.
Reuzepompoen (Centenaar) is niet lang houdbaar.
Flespompoen (Butternut) krijgt geen bruin steeltje, daarvan weet je dat hij rijp is om geoogst te worden als de pompoen donker beige van kleur is.